スキャンディスクは、想像以上にトラブル解決に役立ちます。それほど時間がかかる訳でもありませんし、まずPCのお掃除の最初として実行することをお薦めします。
マイコンピューター(あるいはエクスプローラ)からC:ドライブを右クリックしてプロパティを開きます

「ツール」タブを開き、一番上の「エラーチェック」の項目の「チェックする」をクリックします

「ファイル システム エラーを自動的に修復する」にチェックを入れ「開始」をクリック

下記のメッセージが出るので、速やかに「はい」を押してからPCを再起動して下さい。

マイコンピューター(あるいはエクスプローラ)からC:ドライブを右クリックしてプロパティを開く

「ツール」タブを開き、「チェックする」をクリック

「標準」を選択し、「エラーを自動的に修復」にチェックを入れる。そして「開始」をクリック

・チェックが終了するまでしばし待つ。これだけです。
環境(特にバックグラウンドで動いているアプリケーション)によっては、何度も何度もディスクの内容が書き替わるためスキャンディスクが終了しないケースがあります。この場合、スキャンディスクからエラーメッセージが返って来ます。

その場合はディスクに書き込みを行っている可能性のあるプログラムを全部終了させて行うか、再起動直後にやってみましょう。
トラブルの対応策としてデフラグを薦める人がいますが、僕は賛成しません。デフラグがHDにとどめを刺すケースもあると聞いたことがあります。
デフラグするとしたら、ある程度調子が良くなってからの方がいいと思います。
2006.8.16 すっきり!! デフラグへのリンクを削除